Elke projectmanager heeft ermee te maken: de dynamiek in de samenwerking tussen het project en de lijnorganisatie in al haar hoedanigheden. Hoe om te gaan met deze dynamiek is een thema dat breed leeft binnen het netwerk van Neerlands diep, niet alleen aan de kant van de projecten, maar ook binnen de lijnorganisaties zelf. Daarom heeft Neerlands diep een samenwerkingsprogramma project-lijn opgezet. Vijf gemengde teams gaan samen aan de slag om knelpunten of belemmeringen die zij in de onderlinge samenwerking ervaren te onderzoeken en zo mogelijk te verkleinen of zelfs weg te nemen. Grondslag voor het programma is systeemdenken van professor Jaap Schaveling, die in het programma een actieve rol vervult.